Сатору Фудзинума с детства обладал необычными способностями: он мог видеть будущее и предсказывать катастрофы. Эти видения позволяли ему спасать людей, хотя он долгое время не умел ими пользоваться. Теперь, будучи подростком, Сатору научился контролировать свои способности и живет обычной жизнью, работая мангакой. Однако его творения редко принимают редакторы, что часто огорчает юношу.

Однажды, по дороге на работу, у Сатору снова появляется видение, благодаря которому он спасает ребёнка от наезда автобуса, но сам получает травму и попадает в больницу. Спустя две недели после выписки, вернувшись домой, он находит свою мать мёртвой. В этот момент в квартиру заходит соседка и, увидев окровавленные руки Сатору, вызывает полицию. В панике юноша убегает, но неожиданно оказывается в прошлом.

Оказавшись в незнакомом месте, Сатору понимает, что его видение переместило его в прошлое. Теперь он должен предотвратить трагедии и раскрыть тайну, почему его перенесло назад во времени. В аниме "Город, в котором меня нет" юноша столкнётся с множеством загадок и мистических ситуаций, стремясь найти убийцу своей матери и помешать злодею совершать преступления.