в мире, где количество сирот на улицах растет, правительство создает засекреченную организацию под видом агентства по социальному обеспечению. найденные девочки проходят специальные тренировки и телесные модификации, теряя воспоминания и эмоции. эти универсальные бойцы, обученные боевым искусствам и владению оружием, выполняют опасные миссии по ликвидации преступников и террористов. однако в ходе заданий они начинают испытывать чувства и вспоминать прошлое. аниме 'школа убийц' показывает борьбу девочек за возвращение своей человечности, их внутренние конфликты и опасные миссии.