после уничтожения солнечной системы внеземными врагами, человечество находит убежище на космическом корабле 'сидония'. молодой таниказэ цутоми, живший в подземных тоннелях, мечтает стать капитаном звездолёта. после смерти деда, пытаясь найти еду, он попадает в ряды кадетов и начинает свою сложную миссию по защите человечества от гаунов. в аниме 'рыцари сидонии' зрители увидят масштабные космические сражения и борьбу за выживание людей.