Рокуро Окадзима работает клерком без перспектив, терпя насмешки коллег и начальства. Однажды он получает задание доставить диск с секретной информацией в командировке, но неожиданно оказывается захвачен пиратами с корабля "Чёрная лагуна". Надеясь на помощь своей компании, Рокуро сталкивается с ужасной правдой: корпорация предпочла устранить пиратов и избавиться от него, чтобы вернуть диск. Разочарованный и в отчаянной ситуации, парень решает присоединиться к пиратам. Находясь среди новых друзей, таких как огнестрельный эксперт Реви, ветеран Датч и хакер Бенни, Рокуро становится частью экипажа "Черной лагуны". Команда борется с коррупционерами и бандитами, одновременно сталкиваясь с опасными приключениями на море и суше. В аниме "Black Lagoon" зрители увидят захватывающие схватки, морские баталии и неожиданные открытия, когда Рокуро использует свой шанс изменить жизнь к лучшему.