В центре сюжета аниме "Семья шпиона" находится продолжающийся конфликт между двумя враждующими государствами: Остания и Весталис. В мире, где информация является самым ценным ресурсом на поле битвы, роль секретных агентов неоценима. Один из лучших агентов, известный под псевдонимом Сумрак, сталкивается с необычной задачей — ему необходимо инфильтрироваться в школу, где учится ребенок влиятельного политика Донована Дезмонда. Для выполнения миссии Сумрак создаёт фиктивную семью: он усыновляет умную девочку Аню из приюта, которая неожиданно обладает телепатическими способностями. Вместе с Ллойдом Форджером, который одновременно является спецагентом и вымышленным отцом, Аня помогает выполнять задание, в то время как каждый из них скрывает свои секреты. Эта нестандартная семья сталкивается с серьезными испытаниями, которые проверяют их взаимопонимание и способность работать вместе